Zaman Mataram adalah zaman keemasan bagi pendidikan dan pengajaran Islam di tanah jawa. Karena pada masa itu pendidikan dan pengajaran Islam telah mempunyai organisasi yang teratur dalam pemerintahan agama Islam.
Pada permulaan penjajahan Belanda pada zaman kompeni {tahun 1610 M} politik Belanda adalah membierkan saja usaha pendidikan dan pengajaran Islam menurut kerajaan itu.
Tetapi lambat laun politik membiarkan itu diubahnya dengan berangsur angsur sedikit demi sedikit.
Sejak perjanjian GIANTI {tahun 1755}, mulai tampak usaha penjajah Belanda hendak melumpuhkan pengaruh Islam di Jawa ,dimulainya di daerah daerah yang sudah dikuasainya .Yaitu didaerah luwar Yogyakarta dan Surakarta ,Tanah lungguh{1} untuk pengulu,Naib,Kiyaianom,Kiyai sepuh,semua dihapuskan dan dijadikan tanah gubernemen.Begitu juga diusahakan oleh penjajah Belanda untuk menghapuskan tanah lungguh untuk para bangsawan di Yogyakarta sendiri. Hal itu dan lain-lain telah menggerakkan DIPONEGERO {tahun 1825-1830 M} serta para ‘alim ‘ulama’ tampil kemuka memimpin rakyat untuk memerangi penjajah Belanda .
Setelah DIPONEGERO ditaklukkan ,maka penjajah Belanda melanjutkan politiknya untuk mebinasakan organisasi resmi dari pendidikan dan pengajaran Islam yang berlaku pada masa kerajaan Mataram.
Para Penghulu,Naib,Pegawai-pegawainya dan para Modin semuanya dibebaskan dari kewajibannya dalam lapangan pendidikan dan pengajaran Islam
Hasil-hasil dari pemungutan Zakat,serakah,Wakaf dan sebagainya untuk membiayai pendidikan dan pengajaran Islam ,semuanya dihapuskan dan dimasukkan kedalam kas,untuk memperbaiki penghidupan para penghulu dan kawan-kawannya yang telah rugi karena dihapuskan tanah lungguhnya.
Wakaf-Wakaf tanah sawah ,kadang-kadang sampai ratusan hetare luasnya untuk membiyayai usaha pendidikan dan pengajaran Islam ,lalu diputar menjadi Wakaf Masjid saja. Selain dari pada itu penghulu tidak lagi menjadi hakim Agama dan tidak pula menjadi kepala agama dalam wilayah Kabupaten masing-masing,melainkan cukup dengan Naib dan pegawai-pegawainya untuk jadi juru nikah ,talak dan rujuk saja ,Semuanya itu dibawah pengawasan pemerintahan Belanda .
Orang-orang yang akan diangkat menjadi penghulu ,Naib dan pegawai-pegawainya adalah menurut kemauan pemerintah Belanda saja, meskipun mereka tidak ahli dalam ‘Ilmu agama Islam ,Bahkan ada yang diangkat menjadi anggota Mahkamah Islam Tinggi yang tidak ahli dalam lapangan ‘Ilmu hokum Islam.
Dengan demikian ,maka pendidikan Islam pun ,makin lama makin mundur,makin lama makin terdesak ,oleh pendidikan Barat .Sedangkan tekanan halus dari pemerintah penjajahan tidak sedikit pengaruhnya untuk melemahkan pendidikan dan pengajaran Islam .Tetapi meskipun begitu . pendidikan dan pengajaran Islam ,tetap tegak berdiri di PONDOK PONDOK PESANTREN menghadapi gelombang dan taupan pengaruh pendidikan barat
Pendeknya semenjak mulai penjajahan Belanda sampai tahun 1900 M adalah masa kemunduran pendidikan dan pengajaran Islam.
Bukan saja di Jawa,bahkan di seluruh Indonesia.Tetapi karena banyaknya PONDOK PONDOK PESANTREN ,yang melaksanakan pendidikan dan pengajaran Islam ,maka NUR dan CAHAYA pendidikan dan pengajaran Islam itu tetep menyala dan tak pernah padam.
Hanya Nur dan Cahayanya itu telah kecil dan tidak begitu terang benerang lagi sebagaimana pada masa berdirinya kerajaan Islam dahulu.
Untunglah pada tahun 1900 M Nur dan Cahaya pendidikan dan pengajaran Islam mulai terang benerang kembali dengan berdirinya PONDOK PONDOK PESANTREN yang baru ,membawa jiwa baru, PONDOK PONDOK PESANTREN itu didirikan oleh ‘Ulama’ Besar Indonesia yang kembali dari Makkah sesudah menunaikan ibadah haji dan bermuqim di sana bertahun-tahun lamanya menuntut ilmu agama dan bahasas arab.
Beliu-beliu itulah pembangun dan pembaru pendidikan dan pengajaran Islam di Indonesia dengan mendirikan PONDOK PONDOK PESANTREN ,yang tidak sedikit bilangannya.
