Perpindahan kekuasaan dari Demak ke Pajang {+tahun 1568} tidak menyebabkan perubahan yang berarti tentang sistim pendidika dan pengajaran Islam.
Setelah pusat kerajaan berpindah dari Pajang ke Mataram {-+ tahun 1586}, maka tampak beberapa macam perubahn ,terutama pada Zaman Sultan Agung {tahun 1613}.
Sesudah mempersatukan Jawa Timur dengan Mataram serta daerah daerah yang lain ,maka Sultan Agung sejak tahun 1630 mencurahkan tenaganya untuk membangun Negara,seperti mempergiat berladang dan bersawah ,serta memajukan perdagangan dengan luar negeri . Pada zaman beliu telah maju dan memuncak kebudayaan,kesenian dan kesusasteraan . Alias kebijakan Sultan Agung kebudayaan lama yang berdasarkan Indonesia asli dan Hindu dapat disesuaikan dengan agama dan kebudayaan Islam.
Seperti
1.Gerebeg ,disesuaikan dengan Hari Raya ‘Idul Fitri dan maulid Nabi Mhammad صلّى الله عليه وسلّم
Sejak itu terkenal dengan gerebek poso/puasa dan gerebek mulud
2.Gamelan sekaten yang hanya dibunyikan pada gerebeg mulud,atas kehendak Sultan Agung dipukul dihalaman masjid besar.
3.Kerena hitungan tahun caka {Hindu} yang dipakai di Indonesia{Jawa} berdasarkan perjalanan matahari berbeda dengan tahun Hijriyah yang berdasarkan perjalanan Bulan,maka pada tahun 1633 M atas perintah Sultan Agung tahun caka yang telah berangka 1555 caka,tidak lagi ditambah dengan hitungan matahari,melainkan dengan perjalanan hitungan bulan ,sesuai dengan tahun Hijriyah. Tahun yang baru disusun itu disebut tahun jawa dan sampai sekarang tetap dipergunakan.
Selain dari pada itu Sultan Agung memrintahkan,supaya pada tiap tiap ibu kota kabupaten didirikan sebuah masjid Gede,sebagai induk dari semua masjid dalam daerah kabupaten itu,dan pada tiap tiap ibu kota distrik sebuah masjid Kawedanan.Begitu pula pada tiap tiap Desa didirika sebuah masjid desa.
Masjid Gede dipakai oleh seorang penghulu dan dibantu oleh 40 orang pegawainya.Masjid kawedanan dipimpinoleh seorang Naib,dan dibantu oleh 11orang pegawainya.Masjid Desa dipakai oleh seorang modin {Kayim Kaum} dengan 4orang pembantunya .
Penghulu adalah kepala urusan penyelenggaraan agama Islam dalam seluruh derah kabupaten,baik dalam lapangan ‘Ibadah,Mu’ammalat,ataupun dalam urusan Munakakhat {nikah talak rujuk}.
Adapun dalam urusan jinayat ,{pidana}Penghulu bekerja sama dengan jaksa.tugasnya bukan pengacara,melainkan ialah hakim{memutuskan hukuman},Sebab itu pengulu disebut juga penghulu Hakim.
Didalam daerah distrik dan desa penghulu diwakili oleh Naib dan dibantu oleh Modin,
Pegawai Penghulu yang 40 orang itu dibagi atas 4 golongan
1.Juru tulis dan bendahara
2. Ketib {khotib}
3.Modin {Muadlin}
4.Merbot {garim di Minangkabau}
Pekerjaan . Ketib {khotib} ialah berkhutbah jum’at di masjid ,serta keluar di tempat tempat yang dirasa perlu untuk mengadakan khutbah{tabligh} dan member nasehat keagamaan dan dibantu oleh Modin
Daerah suatu kabupaten dibagi atas beberapa bagian untuk usaha memajukan pendidikan dan pengajaran Islam,pelaksanaannya pada tiap tiap bagian dipertanggung jawabkan kepeda beberapa ketib dan dibantu oelh beberapa Modin,Naib dan pegawainya ,serta para Modin desa dalam suatu bagian adalah sebagai penyelenggara,dan Naib sebagai kepalanya
